Indonesia

En Indonesia, el país del mundo donde hay más musulmanes, los cristianos se han visto afectados por dos grandes conflictos, el del genocidio contra Timor Oriental (país de mayoría católica) y el conflicto étnico-religioso de las Islas Molucas (con una provincia de mayoría protestante). 

En 1998 una guerra civil entre etnias cristianas y musulmanas provocó masacres que llevaron a la intervención internacional en el 2000; los grandes choques se dieron en Ambon y Halmahera, y oficialmente se terminó en 2002; entre las causas están el traslado de miles de musulmanes a tierras cristianas bajo el presidente Suharto, la crisis económica (depreciación de la rupia, alto desempleo), y la nueva organización de las diez provincias Molucas en dos, disputando qué región sería la cabeza local; 700.000 personas fueron desplazadas. Policía y Ejército indonesio se declararon neutrales pero fueron negligentes en controlar uso de armas y asesinatos, además apoyaron con armas a ambos bandos. 

Las Molucas se organizan en villas cristianas y villas musulmanas, donde son escasos los matrimonios entre confesiones diferentes; en Ambon protestantes y musulmanes tenían porcentaje similar, pero de 1969 a 1998 llegaron 98.000 musulmanes Bugis, Makassareses, y Butoneses; 30.000 musulmanes se establecieron en Ambon, donde los comerciantes Bugis y Butoneses compitieron con los protestantes, originando roces; de 1992 a 1997 los musulmanes fueron tomando el poder político y los cristianos temieron la islamización; cristianos y musulmanes quemaron viviendas de sus rivales en enero, y en 1999 el rumor de que los cristianos quemaron la mezquita Al-Fatah provocó la quema de diversas iglesias en Ambon y 14 muertes, villas cristianas fueron quemadas por musulmanes de Hitu que marcharon a Ambon, asesinaron más de 110 cristianos y quemaron iglesias protestantes y católicas. 

En diciembre de 1999 42 cristianos fueron asesinados por musulmanes en islas Ceram en diciembre de 1999, mientras 17 musulmanes murieron en combates con la Policía; 117 cristianos murieron en islas Buru, frente a 55 musulmanes, muchas casas fueron quemadas, familias cristianas fueron forzadas a convertirse al islam (fueron circuncidados), 17 iglesias católicas fueron quemadas y un número similar de protestantes. En enero de 2000 la provincia Molucas Norte (musulmana) fue separada de Molucas; en septiembre del 2000, los cristianos destruyen la villa de Saparua (Molucas), de mayoría musulmana. 

En 2002 se firmó un acuerdo de paz, y en 2003 se crearon dos instituciones (una cristiana y una musulmana) para la Reconciliación y la Reconstrucción, desde entonces la convivencia ha mejorado; pero llegaron islamistas del Ejército de la Guerra Santa (Laskhar Jihad) asesinando a un hombre acusado de adulterio en marzo de 2001 y atentando contra cristianos e instituciones en la región y resto de Indonesia, realizando circuncisiones forzadas a los varones y ablaciones a las cristianas. En septiembre de 2011 fue frustrado un atentado terrorista contra la Oficina del Sínodo de la Iglesia Protestante de las Molucas y contra la iglesia protestante Marantaha en Ambon.